Duże otwory nosowe kierowały się do przodu. Gruba, ciężkiej budowy kość nosowa cechowała się wypukłym profilem, tworzyła zgrubienie pośrodku szczytu czaszki wraz z kością czołową. Dolna część kości przedszczękowej była pogrubiała, miała nierówną powierzchnię. Niewielki otwór widniał na szwie pomiędzy kośćmi przedszczękowymi. Wiódł on do jamy nosowej, a być może łączył się z narządem Jacobsona. Krótka i głęboka kość szczękowa prawdopodobnie zawierała zatokę. Przebijała tę kość seria otworów odpowiadających położeniu zębów, służących za drogę dla wyrzynających się zastępujących zębów. Żuchwa łączyła się z czaszką stawem leżącym poniżej tylnego końca oczodołu. Nosząca zęby część żuchwy była długa, a leżąca za nią część bezzębna raczej krótka. Nie zachowała się kość przedzębowa, ale na jej obecność wskazują fasetki na przedzie zachowanej części żuchwy. Jak inne pachycefalozaury, stegoceras mógł mieć niewielki dziób. thumb|Odlew S. validum UALVP 2, pierwszej znalezionej kompletnej czaszki pachycefalozaura Stegoceras cechował się uzębieniem heterodontycznym i tekodontycznym. Miał brzeżne rzędy względnie małych zębów, nie tworzyły one prostego brzegu tnącego. Wzdłuż długości szczęki i żuchwy zęby rozlokowane były na ukos, lekko na siebie zachodziły z przodu na tył.