Czaszkę stegocerasa od innych pachycefalozaurów odróżniają następujące cechy: dobrze rozwinięta półka kostna ciemieniowo-łuskowa (zmniejszająca się jednak z wiekiem), pierwotne tworzenie się kopuły z frontoparietal (kopuła rosła z wiekiem), guzkowa ornamentacja na bokach i tyle kości łuskowych, rzędy do sześciu guzków na górnej części każdej z kości łuskowych i do dwóch guzów na skierowanych w tył wypustkach kości ciemieniowej. Czaszka tego rodzaju różniła się też brakiem ornamentacji kości nosowej oraz zredukowaną diastemą. Czaszkę S. novomexicanum można odróżnić od należącej do S. validum po skierowanej ku tyłowi wypustce kości ciemieniowej, bardziej zredukowanej i trójkątnej, po większych otworach nadoczodołowych (jednak może to wynikać z młodego wieku zbadanych okazów) i mniej więcej równoległych szwach pomiędzy kośćmi łuskowymi i ciemieniowymi. Wydaje się też mieć mniejsze zgrubienie czołowe niż S. validum.