Piotra wyrazić szacunek dla tego samego papieża i zaakcentować prymat Rzymu w stosunku do Genui. Na sklepieniu apsydy Carlone namalował Św. Syrusa wypędzającego bazyliszka, co symbolicznie nawiązywało do stłumienia herezji ariańskiej w Genui. Na sklepieniu prezbiterium artysta namalował Chwałę św. Syrusa, a na sklepieniu kopuły Hierarchie niebiańskie kontemplujące Krzyż. Na sklepieniu w nawie głównej namalował we współpracy z kwadraturzystą Paolem Brozzim Powołanie św. Piotra, Ukrzyżowanie sw. Piotra i Upadek Szymona Maga. W łukach nadokiennych ośmiu okien przedstawił z kolei Osiem błogosławieństw. Pozostałe freski, zdobiące kaplice i sklepienia naw bocznych są dziełem Domenica Fiaselli, Domenica Pioli (Chwała św. Kajetana) i Gregoria De Ferrari Chwała św. Andrzeja Avellino).
Wśród obrazów wyróżniają się: Zwiastowanie Najświętszej Maryi Panny Orazia Gentileschiego, trzy płótna z cyklu Opowieści św. Kajetana Domenica Pioli, Śmierć św. Andrzeja Avellino Domenica Fiaselli i Narodzenie Najświętszej Maryi Panny Aurelia Lomiego. W zakrystii, zbudowanej w 1639 roku, wiszą: Ostatnia Wieczerza Orazia De Ferrari, Odpoczynek w Egipcie i Ekstaza Świętego Franciszka Gregoria De Ferrari, Chrystus na Kalwarii Bernarda Castello i Ścięcie św. Jana Chrzciciela Domenica Pioli.