XX wieku powstał niezależny Kościół Chrześcijański w Toruniu, istniejący do 1997, kiedy wszedł w skład miejscowego zboru zielonoświątkowego.
Kościoły protestanckie działające obecnie w Toruniu: Chrześcijańska Wspólnota Ewangeliczna: placówka misyjna w Toruniu Kościół Adwentystów Dnia Siódmego w RP: Zbór Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego, ul. Idzikowskiego 1d Kościół Boży w Polsce: Kościół „Chrystus dla Wszystkich” w Toruniu, nabożeństwa prowadzone są przy ul. Lampkowskiego 31 w Grębocinie Kościół Boży w Toruniu, ul. Łazienna 24 Kościół Chrześcijan Baptystów w RP: Zbór „Exodus”, ul. Poznańska 34 Zbór „Filadelfia” Placówka w Toruniu III Zboru Kościoła Chrześcijan Baptystów "Kościół 5N" w Poznaniu, ul. Osadnicza 13 Kościół Chrześcijan Pełnej Ewangelii „Obóz Boży”: Kościół „Metanoia” Kościół Ewangelicko-Augsburski w RP: Parafia Ewangelicko-Augsburska w Toruniu, ul. Strumykowa 10 Kościół św. Szczepana, ul. Wały Gen. Sikorskiego 14 Kaplica ewangelicko-augsburska, ul. Strumykowa 10 Kościół Ewangelicznych Chrześcijan w RP: Zbór Kościoła Ewangelicznych Chrześcijan w Toruniu, ul. Myśliwska 2 Kościół Zielonoświątkowy w RP: Kościół w Toruniu, ul. Kociewska 22 Kościół Dla Torunia „Freedom”, ul. Łyskowskiego 29/35 Mesjańskie Zbory Boże (Dnia Siódmego) – punkt misyjny w Toruniu podległy zborowi w Warszawie