W 1945 roku parafia Ewangelicko-Augsburska otrzymała na własność kościół św. Szczepana. W listopadzie 1979 na terenie miasta miało miejsce pierwsze nabożeństwo ewangelikalne. W latach 80. XX wieku działalność w Toruniu rozpoczął pastor Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego, dzięki czemu powstał tu zbór należący do ugrupowania ewangelicznych chrześcijan. W drugiej połowie lat 80. XX wieku do Torunia przybył pastor Adam Gutsche, skierowany tu przez Zbór Kościoła Chrześcijan Baptystów w Gdańsku w celu reaktywacji działalności miejscowej wspólnoty tego wyznania. Z powodu braku wiernych wywodzących się z przedwojennego zboru baptystycznego, rozpoczęta została tu działalność ewangelizacyjna i misyjna, organizowane były również kursy biblijne oraz odbywały się nabożeństwa. W efekcie nowy Zbór Kościoła Chrześcijan Baptystów w Toruniu został powołany oficjalnie 21 stycznia 1998. W sierpniu 1994 miała miejsce pierwsza ewangelizacja przeprowadzona w Toruniu przez Misję Krajową Kościoła Zielonoświątkowego. We wrześniu 1994 został tu powołany punkt misyjny, przekształcony miesiąc później w filię Kościoła Zielonoświątkowego w RP, na bazie której 20 listopada 1996 utworzono tu samodzielny Zbór Kościoła Zielonoświątkowego w Toruniu. Na początku lat 90.