Czasy nowożytne W XVI wieku w Toruniu pojawili się ewangelicy. Pierwsi z nich osiedli się w mieście krótko po ogłoszeniu przez Marcina Lutra 95 tez w 1517 roku. Na mocy przywileju wydanego przez króla Zygmunta II Augusta dnia 28 grudnia 1558 roku w Toruniu mógł bez przeszkód rozwijać się luteranizm. Toruń został jednym z ważniejszych ośrodków ewangelickich w Rzeczypospolitej. W 1595 roku w mieście odbył się synod generalny protestantów, w 1645 roku Colloquium charitativum – spotkanie ekumeniczne polskich protestantów i katolików. Relacje pomiędzy katolikami a protestantami zaczęły się psuć po III wojnie północnej i wzroście liczby ludności niemieckiej, faworyzowanej przez władze miasta. Do Kościoła katolickiego przynależeli przedstawiciele klas niższych.
17 lipca 1724 roku doszło do tzw. tumultu toruńskiego. Tego dnia protestanci, sprowokowani przez uczniów jezuickich podczas procesji odbywającej się dzień wcześniej, dopuścili się do zdemolowania kolegium jezuickiego. Brak reakcji ze strony miejskich służb porządkowych doprowadził do skazania burmistrza Torunia Jana Gotfryda Rösnera i dziewięciu uczestników tumultu na karę śmierci. Zgodnie z postanowieniem sądu kościół Najświętszej Marii Panny oraz zabudowania klasztorne oddano bernardynom, a Rada miasta Torunia miała składać się w połowie z katolików.