Wydarzenia w Toruniu obiegły Europę i doprowadził do kampanii środowisk protestanckich przeciwko Rzeczypospolitej.
W XVII wieku w Toruniu pojawili się pierwsi wyznawcy prawosławia.
Zabór pruski thumb|200px|Nowy kościół św. Jerzego, obecnie Kościół Matki Boskiej Zwycięskiej W okresie zaboru pruskiego ludność niemiecka przeważnie należała do Kościoła ewangelickiego, polska – katolickiego. W 1840 roku stanowiła 42,7% mieszkańców Torunia, w 1858 roku 37%, 1880 roku 41%, 1910 roku 47%. W okresie zaboru pruskiego toruńscy katolicy dysponowali trzema kościołami parafialnymi: św. Janów, Najświętszej Marii Panny i św. Jakuba. Do parafii św. Janów przynależeli torunianie ze Starego Miasta, św. Jakuba torunianie z Nowego Miasta i przedmieść. Kościół Najświętszej Marii Panny należał do zakonu bernardynów, od 1822 roku był użytkowany przez parafię św. Wawrzyńca. 1 kwietnia 1831 roku utworzono parafię Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, obejmującą swoim zasięgiem mieszkańców Bydgoskiego Przedmieścia, Chełmińskiego Przedmieścia, folwarku na Bielanach i wsi Mokre. Parafia ta stanowiła kontynuację zniesionej parafii św. Wawrzyńca. Ludność ewangelicka należała do trzech gmin-parafii, podporządkowanych superintendenturze toruńskiej.