Ewangelicy ze Starego Miasta należeli do zboru przy Rynku Staromiejskim, z Nowego Miasta i spod toruńskich wsi Rudak i Stawki do gminy pod wezwaniem Trójcy Świętej na Rynku Nowomiejskim, mieszkańcy przedmieść do gminy św. Jerzego. Gmina św. Jerzego do I poł. XIX wieku zachowywała polski charakter. Ludność żydowska stanowiła znikomy procent mieszkańców Torunia. W 1808 roku w Toruniu mieszkało 22 rodzin żydowskich, w 1845 roku – 68, po 1920 roku – 147. W 1846 roku oddano do użytku synagogę przy ul. Szczytnej.
W czerwcu 1811 roku rozebrano kościół św. Jerzego, w 1824 roku kościół św. Wawrzyńca. W 1897 roku zakończono budowę kościoła garnizonowego św. Katarzyny dla protestanckiej części żołnierzy garnizonu toruńskiego. W 1907 roku wybudowano nowy kościół św. Jerzego (ob. kościół Matki Boskiej Zwycięskiej).
W 1836 roku w Toruniu pojawili się staroluteranie. Do 1844 roku liczba staroluteranów wynosiła ok. 300 członków. W 1899 roku utworzono Zbór Kościoła Chrześcijan Baptystów. W 1901 roku w Toruniu pojawili się pierwszy adwentyści dnia siódmego. Trzy lata później utworzyli własny zbór.