Stefan Pasławski przydzielił komisariat „Krotoszyn” do Inspektoratu Granicznego nr 12 „Ostrów” i określił jego strukturę organizacyjną. W nawiązaniu do rozkazu dowódcy SG, Wielkopolski Inspektor Okręgowy swoim rozkazem organizacyjnym nr 2 z 27 czerwca 1928 dokonał połączenia komisariatów Straży Celnej „Zduny” i „Odolanów” tworząc jeden komisariat SG „Krotoszyn”.
Już 15 września 1928 dowódca Straży Granicznej rozkazem nr 7 w sprawie zmian dyslokacji Wielkopolskiego Inspektoratu Okręgowego podpisanym w zastępstwie przez mjr. Wacława Szpilczyńskiego zmieniał organizację komisariatu i ustalał zasięg placówek. Rozkazem nr 11 z 9 stycznia 1930 roku reorganizacji Wielkopolskiego Inspektoratu Okręgowego komendant Straży Granicznej płk Jan Jur-Gorzechowski ustalił numer i nową organizację komisariatu.
Rozkazem nr 3/31 zastępcy komendanta Straży Granicznej płk Emila Czaplińskiego z 5 sierpnia 1931 roku przeniesiono placówkę I linii „Ruda” do Bestwina.
Służba graniczna Siedziba komisariatu mieściła się w Krotoszynie w budynku skarbowym przy ulicy Zdunowskiej. Budynek oddalony był około 8 kilometrów od granicy państwowej. W budynku funkcjonowała kancelaria komisariatu i placówka II linii.