9 lipca 1961 Wisła, remisem 2:2 w wyjazdowym meczu z Tomasovią Tomaszów Lubelski, zakończyła sezon 1960/1961 w A-klasie. Drużyna, podobnie jak Gwardia Chełm, zdobyła łącznie 36 punktów. Obydwa te zespoły zapewniły sobie awans z czołowych pozycji do ligi okręgowej, jednak zgodnie z regulaminem rozgrywek musiały one zagrać dodatkowy mecz na neutralnym gruncie, by wyłonić ostatecznego mistrza. Wstępnie OZPN rozważał rozegranie spotkania 23 lipca w Lublinie. 20 lipca podano jednak, że mecz odbędzie się za 2 dni. Następnego dnia poinformowano, że kierownictwo Gwardii zostało zawiadomione o terminie spotkania nieregulaminowo i na jego prośbę mecz ostatecznie przesunięto na 30 lipca. Tego dnia na stadionie Startu Lublin Wisła uległa Gwardii 0:2 i tym samym zajęła 2. miejsce w tabeli.
Liga okręgowa i międzywojewódzka (1961–1982) 28 sierpnia 1961 pierwszy zespół Wisły rozpoczął od porażki 1:3 z Avią Świdnik sezon 1961/1962 w lidze okręgowej. Ostatecznie rozgrywki te zakończył na 10. miejscu, zaś rok później uplasował się dwie lokaty wyżej. Od sezonu 1963/1964 drużyna utrzymywała się w czołówce tabeli. Po rozgrywkach 1965/1966, w których Wisła zajęła 7.