Zlecili oni następnie Giovanniemu Domenicowi Cappellino namalowanie jej obrazu, który do dziś zdobi dedykowaną jej kaplicę.
W 1529 roku podjęto próbę przywrócenia kompleksu do dawnej świetności przekazując go w ręce zakonników z opactwa terytorialnego Monte Oliveto Maggiore. Kościół i klasztor zostały odrestaurowane i przebudowane, powracając w ciągu kilku lat do dawnego splendoru. W 1657 roku, w czasie zarazy, zakonnicy zasłużyli się w opiece i pomocy chorym. Kościół San Stefano pozostawał w rękach zakonników z Monte Oliveto do roku 1775, po czym pełnił już tylko funkcję kościoła parafialnego.
XX wiek W latach 1904–1908 został zbudowany kościół Nostra Signora della Guardia e Santo Stefano. Jego fasada usytuowana była pod kątem prostym w stosunku do fasady kościoła Santo Stefano. Pocztówki z tamtego czasu świadczą, iż był to kościół w stylu gotyckim. Zaprojektował go Camillo Galliano a ozdobił freskami Bevilacqua. Do dekoracji jego wnętrza wykorzystano obrazy z kościoła Santo Stefano. W latach 1912–1916 w wyniku restauracji dokonanej przez Alfredo D'Andrade został całkowicie rozebrany klasztor. Nowy kościół poniósł znaczne straty w czasie II wojny światowej – przepadły obrazy Domenica Pioli, Valeria Castella, Gregoria De Ferrari, Giulia Cesare Procacciniego, Bernarda Castella i innych.