W skład floty wchodziły też w różnym czasie galeony, karaki, fregaty lub szebeki.
Wielki Mistrz posiadał też , używaną podczas specjalnych okazji.
W XVIII wieku Zakon posiadał też kilka okrętów liniowych.
thumb|left|„Santa Anna”, liniowy okręt Zakonu, po przybyciu na Maltę. Lista okrętów liniowych Zakonu Joannitów, kiedy miał on swą siedzibę na Malcie (liczba po nazwie okrętu, oznacza ilość dział, w które był on uzbrojony): „Santa Anna” (1522) – wycofany z użycia 1540 ? 40 (tunezyjski, przechwycony 1628) ? 46 (tunezyjski, przechwycony 1640) ? (turecki, przechwycony 1644) ? 54 (turecki, przechwycony 1654) – zatonął wkrótce po przejęciu 1654 „Beneghem” 66 (turecki „Sultana Berenghemi”, przechwycony 1700) San Giovanni 64/70 (~ 1703) San Giacomo 64/70 (~ 1703) Santa Croce 44/46/50 (tunezyjski La Rosa/Rose of Tunis, przechwycony 1706) San Raimondo 46 (prawdopodobnie taki sam, jak Santa Croce, powyżej) Santa Caterina 64/70 ? 56? (trypolitański, przechwycony 1709) ? (algierski Half Moon 40, przechwycony 1713) San Giovanni 60/64 (1718) – BU 1753 San Giorgio 60/64 (1719) San Vicenzo 50 (1720) ? 48 (trypolitański, przechwycony 1723) San Antonio di Padova 52/60/64 (1727) – BU 1765 ?