Po roku 1740 flota zakonna oraz stocznia zaczęły podupadać, razem z powolnym upadkiem Zakonu. Po raz ostatni flota była w walce podczas francuskiej inwazji na Maltę w roku 1798. 10 czerwca, galera, dwa galeony i szalupa wypłynęły z Grand Harbour i podjęły nieskuteczny atak przeciwko siłom francuskim lądującym w St. Julian’s Bay i St. George’s Bay.
Po kapitulacji Zakonu 11 czerwca 1798 roku, wszystkie jego okręty zostały przejęte przez Francuzów. Okręty liniowe „San Zaccharia” i oraz fregata „Sante Elisabeth” zostały włączone do francuskiej marynarki wojennej i przemianowane, odpowiednio, na „Dégo”, „Athénien” i „Carthaginoise”. Wszystkie trzy pozostały na Malcie podczas brytyjskiej blokady Malty i w roku 1800 przeszły w ręce Brytyjczyków. „Dégo” and „Carthaginoise” były uszkodzone, lecz „Athénien” została włączona do Royal Navy jako HMS „Athenienne”. Okręt zatonął koło Sycylii w roku 1806.
Okręty thumb|Maltańska galera z XVII wieku
Flota wojenna zakonu Maltańskiego, podczas swojego istnienia miała wiele różnych typów okrętów. W XVII wieku w jej skład wchodziły głównie galery, które miały różne rozmiary.