Około 1904–1905 roku Vetulaniowie sprzedali dom w Tarnowie i przenieśli się do Krakowa.
W 1905 roku Franciszek Vetulani został wybrany kandydatem na współpracownika Komisji Fizjograficznej na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym Akademii Umiejętności w Krakowie, i co najmniej od 1 lipca 1905 roku był członkiem tej Komisji, pozostając nim przez kolejne lata. W 1906 brał udział w robotach przy przebudowie Zamku Królewskiego na Wawelu. 22 marca 1907 został członkiem wydziału i zastępcą wiceprezesa okręgowego Towarzystwa Rolniczego w Krakowie. W 1911 Franciszek Vetulani jako starszy inżynier był kierownikiem ekspozytury budowlanej w Krakowie.
W 1912 przeniósł się z rodziną do Lwowa, a w 1914 w związku z wybuchem I wojny światowej kolejno do swojego domu letniego w Dolinie Kościeliskiej i do Zakopanego. Tam w 1915 w wyniku choroby nowotworowej zmarła jego żona.