Następnie pracował w Komitecie Pomocy Uchodźcom i w Zarządzie Dróg Litwy, jako inżynier-gruntoznawca przy budowie drogi Kowno-Wilno.
Po zajęciu Wilna w 1941 przez Niemców, powrócił do Warszawy. Był wykładowcą na tajnych kompletach uniwersyteckich i politechnicznych. W konspiracji działał pod pseudonimem Szymański, m.in. w Urzędzie Śledczym Państwowego Korpusu Bezpieczeństwa (PKB) m.st. Warszawy. Jako żołnierz Armii Krajowej walczył w Powstaniu Warszawskim. Potem przeszedł obóz w Pruszkowie, skąd przedostał się do Krakowa, gdzie kontynuował swoją działalność w tajnym nauczaniu na kursach uniwersyteckich.
Na Uniwersytecie Warszawskim Po wyzwoleniu Krakowa Antoni Łaszkiewicz wrócił do Warszawy i w lutym 1945 podjął pracę w odradzającym się Uniwersytecie, początkowo na stanowisku zastępcy profesora, a od czerwca 1946 – profesora nadzwyczajnego i jednocześnie kierownika Zakładu Mineralogii i Petrografii. Miał też powierzoną funkcję dyrektora Studium Wstępnego dla młodzieży zapóźnionej w nauce. Wykłady krystalografii i mineralogii prowadził do roku 1949.