W latach 1947 i 1948 organizował wycieczki geologiczne w Sudety dla studentów mineralogii.
W latach 1945–1949 był członkiem Państwowej Rady Ochrony Przyrody.
W 1949 został aresztowany i do 1955 Antoni Łaszkiewicz przebywał w więzieniu, gdzie był represjonowany przez peerelowską bezpiekę wskutek zarzucanej mu działalności konspiracyjnej. W końcu 1956, w okresie odwilży, po ponownym rozpatrzeniu sprawy został uniewinniony i zrehabilitowany.
W Państwowym Instytucie Geologicznym W listopadzie 1955, po wyjściu z więzienia, wobec zaistniałych w międzyczasie zmian organizacyjnych na Uniwersytecie, prof. Łaszkiewicz nie miał już możliwości powrotu na swoje uprzednie stanowisko. Został zatrudniony w Instytucie Geologicznym w Warszawie na stanowisku samodzielnego pracownika nauki.
W 1956 został kierownikiem Zakładu Petrografii i Geochemii. W 1961 Zakład ten został przemianowany na Zakład Mineralogii i Petrografii. Na stanowisku kierownika tego Zakładu pozostał do lipca 1972. W czerwcu 1964 został mianowany profesorem zwyczajnym. Od 1965 do 1970 pracował jednocześnie na drugim etacie w Muzeum Ziemi PAN, na stanowisku kierownika działu mineralogii i petrografii.