Praca Po ukończeniu studiów pozostał na Uniwersytecie w Lozannie, wspierany przez Kasę im. Józefa Mianowskiego. Wykonywał mapy geologiczne Alp Fryburskich w skali 1: 25 000. Badał przy tym stratygrafię i faunę utworów jurajskich. Został też współpracownikiem Szwajcarskiej Komisji Geologicznej. W wyniku tych prac przygotował 13 publikacji z geologii Szwajcarii.
Po zakończeniu wojny światowej powrócił do Warszawy. W 1919 zatrudnił się w Państwowym Instytucie Meteorologicznym, a w 1921 – w Państwowym Instytucie Geologicznym.
Ludwik Horwitz od początku (od 1919) pracował w Pieninach, w Pienińskim Pasie Skałkowym, który wyznacza granicę między Karpatami Zewnętrznymi a Karpatami Wewnętrznymi. Początkowo w badaniach towarzyszył mu Ferdynand Rabowski. Wkrótce jednak rozstali się w związku z różnicami w poglądach geologicznych na skomplikowaną tektonikę Pienin i Horwitz pracował w Pieninach sam. Jego zasługą było wyróżnienie w Pieninach cenomanu i mastrychtu oraz opracowanie fauny warstw posidoniowych.
Równolegle do pracy w Pieninach, Ludwik Horwitz w latach 1924–1938 wykonywał prace kartograficzne we fliszowych Karpatach Wschodnich na następujących arkuszach w skali 1: 100 000: Stary Sambor, Ustrzyki Dolne, Lesko, Dobromil, Przemyśl, Dynów i Rzeszów.