Rozpoziomował wówczas warstwy krośnieńskie w centralnej depresji karpackiej.
W 1933, podczas wielkiego kryzysu, nastąpiła redukcja personelu Instytutu i Ludwik Horwitz przeszedł na emeryturę. Po przejściu na emeryturę w dalszym ciągu prowadził swoje prace jako współpracownik Instytutu.
W czasie drugiej wojny światowej okupacyjne władze niemieckie Państwowego Instytutu Geologicznego w Warszawie, zamienionego na placówkę podległą berlińskiej centrali Reichsamt für Bodenforschung (kierownik - Roland Brinkmann), kazały mu kontynuować pracę w Pieninach i zestawić rezultaty jego zdjęć ówczesnych i poprzednich na mapie.
Ludwik Horwitz pracował w tej placówce od 1940 do 1943, kiedy to został najprawdopodobniej zamordowany przez Gestapo ze względu na swoje pochodzenie żydowskie.
Spuścizna naukowa Horwitza obejmuje 86 prac z geografii fizycznej i geologii. Znajdują się wśród nich liczne prace geologiczno-kartograficzne wraz ze studiami stratygraficznymi i paleontologicznymi z obszaru Pienin oraz Karpat Środkowych i Wschodnich. Horwitz podjął również próbę powiązania karpackich jednostek tektonicznych wschodnich z zachodnimi.