Historia stanowiąca główny temat serialowej mitologii rozpoczyna się ok. 50 lat przed czasem akcji pierwszego sezonu (1993), czyli w latach 40. XX wieku. Ma ona swoje źródło w autentycznych wydarzeniach z tamtego okresu. Ściśle związana jest z incydentem w Roswell i operacją Spinacz. Z kolei jak wynika z ostatnich odcinków sezonów dziewiątego i dziesiątego, początek kolonizacji Ziemi przez Obcych został zaplanowany na 22 grudnia 2012 roku. Data nawiązuje do Kalendarza Majów i tzw. fenomenu roku 2012. W mitologicznym wątku serialu pojawiają się także nawiązania do innych, nie całkiem wyjaśnionych wydarzeń historycznych, np. katastrofy tunguskiej.
Główny wątek – zarys chronologiczny Mitologia Z Archiwum X obraca się wokół tematyki istot pozaziemskich, które – ze względu na ekspansywne plany wobec Wszechświata – nazywane są także kolonistami. Wraz z rozwojem fabuły, para głównych bohaterów odsłania kolejne fakty dotyczące spisku, mającego ukryć współpracę kosmitów z tajną, wpływową organizacją zwaną Syndykatem (ang. The Syndicate). Głównym przedstawicielem Syndykatu w serialu jest C.G.B. Spender, znany jako Palacz. lewo|mały|212x212px|Okładka dziennika Roswell Daily Record z 8 lipca 1947 r.