W 1999 roku buntownicy przeprowadzili operację, która odmieniła losy Projektu. Rebelianci dowiedzieli się o stworzeniu przez Syndykat pierwszej w pełni udanej, czyli odpornej na czarny olej, ludzko-kosmicznej hybrydy (była nią Cassandra Spender, była żona Palacza; zgodnie z ustaleniami, stworzenie hybrydy miało uruchomić proces kolonizacji). Gdy członkowie Syndykatu przybyli na spotkanie z kolonistami, aby przekazać im hybrydę, zamiast nich pojawili się rebelianci, którzy zabili większość przybyłych, w tym Cassandrę Spender. Oznaczało to koniec istnienia Syndykatu i konieczność zmiany planów przez kolonistów.
Palacz, który przeżył zasadzkę rebeliantów, próbował kontynuować pracę nad Projektem (m.in. z ludźmi współpracującymi wcześniej z Syndykatem) i odbudować spisek z kolonistamiBiogenesis (Z Archiwum X, sezon 6, odcinek 22).The Sixth Extinction II: Amor Fati (Z Archiwum X, sezon 7, odcinek 2).Requiem (Z Archiwum X, sezon 7, odcinek 22)..