Rycerze Szpitalnicy kontynuowali swoje akcje morskie przeciwko muzułmanom, a zwłaszcza piratom berberyjskim. Chociaż mieli jedynie kilka okrętów, szybko wywołali gniew Imperium Osmańskiego, niechętnie widzącego Rycerzy osiadłych w nowym miejscu. W lipcu 1551 roku Turcy nieskutecznie próbowali zająć Fort Świętego Anioła, zaś później Mdinę, by w końcu opanować Gozo kilka dni później. Następnie pożeglowali do Trypolisu i zdobyli miasto w sierpniu. Po tym ataku Zakon starał się odbudować populację Gozo, oraz wzmocnił fortyfikacje Wielkiego Portu. Zbudowano kilka fortów, m.in. Fort Saint Elmo i Fort Saint Michael, a wokół tego ostatniego zaczęło powstawać miasto Senglea.
Gdzieś pomiędzy rokiem 1551 i 1556, Maltę nawiedziło tornado, niszcząc przynajmniej cztery z zakonnych galer i zabijając ponad 600 ludzi. Była to największa katastrofa, spowodowana siłami przyrody, jaka dotknęła kiedykolwiek Maltę, i jedno z najbardziej śmiercionośnych tornad w notowanej historii.