z tego też okresu pochodzi pierwszy murowany meczet na Majotcie, zbudowany w roku 1566. Wraz z powstaniem sułtanatu społeczeństwo Majotty uległo podziałowi na trzy klasy: wakabaila (szlachtę), wangwana (wolnych chłopów, rybaków i pasterzy) oraz warumwa (niewolników). Podział ten utrzymał się do początku XX w.. Przynajmniej od XVII w. sułtan Anjouanu rościł sobie prawo do zwierzchnictwa nad sułtanami Mohéli i Majotty; w praktyce zwierzchnictwo to nie miało stałego charakteru. Mauzoleum sułtanów Majotty w Tsingoni.|thumb|250px Majotta początkowo była chętnie odwiedzana przez europejskich kupców i podróżników. Pierwsze mapy i dane demograficzne pochodzą z wypraw Portugalczyków Bartolomeu Diasa i Baltazara Lobo de Souzy. De Souza w 1557 roku oszacował liczbę mieszkańców na około 12 000. Na początku XVII w. szczególnie często przypływali na nią żeglarze holenderscy. Na wyspie kilka razy zaopatrywała się holenderska flota wojenna, a Jacob van Heemskerck w 1601 roku zarekomendował ją jako najlepszą dla europejskiego żeglarza wyspę z archipelagu Komorów. Jednakże w późniejszych latach rosnące zagrożenie ze strony piratów i niebezpieczne rafy przyczyniły się do stopniowego przeniesienia zainteresowania Europejczyków na pozostałe wyspy.