Problem morskiego rozboju w tej części Oceanu Indyjskiego narastał, a opuszczona przez Europejczyków Majotta stała się jedną z ważniejszych przystani pirackich. Dopiero na początku XVIII w. wspólne działania francuskiej floty z Île de France i Kompanii Wschodnioindyjskiej doprowadziły do oczyszczenia lokalnych wód z piratów. Od XVI w. na Majotcie osiedlali się Malgasze, którzy zamieszkali południową część wyspy. W XVIII w. doszło do serii łupieżczych najazdów Malgaszów z ludu Sakalawa. Po zniszczeniu przez nich w 1793 roku stolicy w Tsingoni sułtan Salim II założył nową stolicę w Dzaoudzi. Ciągłe ataki rozbójników i łowców niewolników doprowadziły do wyludnienia wyspy; szacuje się, że w 1804 roku zamieszkiwało ją zaledwie 1500 osób.

W 1829 roku na Majotcie doszło do sporu o władzę, wygranego przez Boinę Combo, którego konkurent – Umari został zmuszony do emigracji na Anjouan. W 1832 roku na Majottę przybył Adriantsoly, zdetronizowany król Boiny z Madagaskaru. Boina Combo udzielił mu azylu, jednakże w tym samym roku Adriantsoly przejął władzę i wygnał dotychczasowego sułtana. Z sytuacji skorzystał Ramanetaka, sułtan Mohéli, który najechał i na krótko zdobył wyspę, przepędziwszy uzurpatora. Adriantsoly uzyskał pomoc Abdallaha II z Anjouanu i w 1835 roku częściowo odzyskał władzę nad Majottą.