O losie Malty miały zadecydować wydarzenia, mające miejsce w Europie w tym czasie. Żołnierzom Napoleona udało się wedrzeć do Neapolu, zmuszając króla Ferdynanda IV z rodziną do opuszczenia miasta. Dla Maltańczyków znaczyło to, że jedynie Wielka Brytania może zagwarantować Malcie bezpieczeństwo. W tym miejscu pojawiły się rozdźwięki pomiędzy zwolennikami Neapolu, a tymi preferującymi Royal Navy. Komandor Alexander Ball z sukcesem uspokoił sytuację, i to doprowadziło go w końcu do wyboru na przewodniczącego National Assembly (Zgromadzenia Narodowego) w dniu 9 lutego 1799 roku. Spełniając prośbę Balla, Zgromadzenie zmieniło nazwę na National Congress (Kongres Narodowy), aby podkreślić potrzebę kompromisu. Jednakże coraz bardziej niepewny los króla Ferdynanda IV, zmusił Balla do przyznania większych kompetencji siłom brytyjskim, stacjonującym wokół Malty. W praktyce, był to moment, kiedy Union Jack po raz pierwszy załopotała obok flagi neapolitańskiej.
W styczniu 1799 roku Nelson pisał do Balla: .