Wojsko francuskie oblężone w Valletcie doświadczało głodu, ponieważ Royal Navy przechwyciła nieopodal wyspy Lampedusa francuskie siły pomocnicze. Ostatecznie, dowódca wojsk francuskich generał de Vaubois poddał się wojskom brytyjskim, reprezentowanym przez komandora George’a Martina i generała Henry’ego Pigota. Ball, jako przedstawiciel mieszkańców Malty, nie został dopuszczony do negocjacji, a Neapolitańczycy zostali z nich wykluczeni ze względów dyplomatycznych. Francuzi mogli odejść z pełnymi honorami wojskowymi, a po kilku dniach Ball i Maltańczycy mogli wejść do oswobodzonej stolicy.
W lutym 1801 roku Ball został mianowany komisarzem marynarki na Gibraltarze i musiał opuścić Maltę. Zarządzanie wyspą przeszło na generała Henry’ego Pigota, którego despotyczna administracja rozgniewała Maltańczyków, fakt odnotowany w liście Balla, napisanym w czerwcu tego samego roku do Nelsona. Ball poinformował, że Maltańczycy mogliby wystąpić przeciwko Pigotowi.
Nelson osobiście odpisał Ballowi 4 czerwca 1801 roku z Bałtyku: .