Do Triestu powrócił przez Sydney, Melbourne, Mauritius i Morze Czerwone w 1860 roku. Wyniki badań przedstawił w wielotomowych pracach i listach publikowanych w „Wiener Zeitung”, które wydano w formie książki w 1885 roku. W latach 1859–1875 opublikował 21 artykułów na temat Nowej Zelandii.
W 1860 roku został mianowany profesorem na Uniwersytecie Technicznym w Wiedniu, którego był rektorem w latach 1874–1875. W 1861 roku ożenił się z Georgianą Bengough, córką Anglika Johna Egberta Bengougha, dyrektora wiedeńskiej gazowni. Para miała czterech synów i cztery córki. thumb|210px|Grobowiec na Cmentarzu Centralnym w Wiedniu W 1869 von Hochstetter wykonywał badania geologiczne dla budowanych kolei tureckich, a w 1872 roku wraz ze swoim studentem Franzem Toulą (1845–1920) wyjechał do Rosji, by przeprowadzić prace geologiczne związane z budową Kolei Transsyberyjskiej. W latach 1872–1873 był nauczycielem arcyksięcia Rudolfa (1858–1889). W 1876 roku został mianowany pierwszym intendentem Cesarskiego Muzeum Historii Naturalnej. W 1881 roku zrezygnował z profesury.