Na prawej ścianie prezbiterium wisi Ostatnia Wieczerza Parisa Bordone, zaś na lewej – Obmywanie nóg Palmy młodszego. Na prawym filarze umieszczony jest obraz Konstantyn i św. Helena przy krzyżu Cimy da Conegliano.
Kaplice apsydialne Prezbiterium flankują 2 kaplice w apsydach bocznych: w prawej kaplica św. Antoniego (Cappella di Sant’Antonio), nosząca przed rokiem 1730 wezwanie Najświętszej Maryi Panny (Cappella di Beata Vergine) i w lewej Kaplica Sakramentu (Cappella del Sacramento). Dwa ołtarze, znajdujące się obecnie w obu kaplicach, pochodzą przypuszczalnie z kościoła Santi Filippo e Giacomo. Na stole ołtarzowym kaplicy Sakramentu stoi drewniany krucyfiks dłuta Leonarda Tedesca. Pierwotnie w kaplicach znajdowały się dwa tryptyki: Madonna z Dzieciątkiem pomiędzy św. Janem Chrzcicielem a św. Andrzejem Bartolomea Vivariniego (obecnie na ścianie prawej nawy, na lewo od bocznego wejścia) oraz Św. Andrzej pomiędzy św. Marcinem a św.