Ostatnia para filarów przed ołtarzem była niegdyś częścią wspomnianego wyżej, dekoracyjnego lektorium, dzieła Sebastiana Mariani, które rozebrano pod koniec XVI wieku. Kolejne 4 pary kolumn znajdujące się w centrum nawy, z kunsztownie pozłacanymi i rzeźbionymi gotyckimi kapitelami, pochodzą najprawdopodobniej z okresu sprzed przebudowy kościoła, być może z XII wieku.
W kościele został pochowany architekt Giorgio Massari, który zaprojektował kościoły Gesuati i Pietà oraz Palazzo Grassi i który nadzorował w 1745 roku ponowny wystrój kaplicy św. Jana Jałmużnika.
Prezbiterium thumb|240px|Prezbiterium – ołtarz główny Ołtarz główny Na ścianie szczytowej, ponad ołtarzem wisi, oprawiony w marmurową ramę, niezwykły, świetlisty obraz Chrzest Jezusa Cimy da Conegliano, namalowany w latach 1492–1494 na zlecenie proboszcza Cristofora Rizza. Obraz był pierwszym zleceniem tego artysty po przybyciu do Wenecji. Jest jednym z najstarszych przykładów obrazu zrealizowanego dla ołtarza, na którym nieprzerwanie się znajduje. Dwa duże, marmurowe posągi, przedstawiające św. Jana Ewangelistę i św. Jana Jałmużnika, flankujące tabernakulum, wyrzeźbił w 1689 roku Heinrich Meyring. Stiuki na sklepieniu prezbiterium zrealizował pod koniec XVI wieku Ottaviano Ridolfi, krewny Alessandra Vittorii.