Po powrocie do Krakowa, działając w warunkach okupacyjnych, w latach 1941–1945 pełnił funkcję kierownika wytwórni i laboratorium analitycznego firmy „Pharma”. W tym czasie prowadził również tajne nauczanie dla studentów farmacji i chemii, egzaminując studentów i opracowując program nauczania. Stanowczo odrzucił kilkakrotne hitlerowskie propozycje objęcia kierownictwa zakładu chemii farmaceutycznej na organizowanym we Lwowie „Pharmazeutische Fachkurse”. Odrzucił również propozycje ogłaszania artykułów w fachowym czasopiśmie Wiadomości Aptekarskie, wydawanym przez niemiecką Apothekerkammer, oraz propozycję zorganizowania laboratorium aptekarskiego dla dystryktu krakowskiego. Jako kierownik „Pharmy” opiekował się młodzieżą szkolną „chroniącą się przed przymusem pracy i poszukującą zaświadczeń odbycia praktyki”.

W 1945 roku powrócił na stanowisko profesora i kierownika Zakładu Chemii Farmaceutycznej UJ. W 1947 roku został mianowany profesorem zwyczajnym. W latach 1947–1948 był prodziekanem, zaś w latach 1948–1951 pełnił funkcję dziekana Wydziału Farmaceutycznego UJ. Równocześnie pozostawał doradcą naukowym „Pharmy” aż do roku 1950.