Od połowy lat 50. w muzeum gromadzona jest kolekcja przyrodniczej, odbywały się również wystawy o tej tematyce współorganizowane przez Ligę Ochrony Przyrody – Oddział Gdański (m.in. przez Alfonsa Sikorę). W maju 1967 roku, po przeprowadzeniu niezbędnych prac remontowych na trzecim piętrze zamku, nastąpiło otwarcie stałej wystawy przyrodniczej „Przyroda skarbem narodu”.
Od stycznia 1973 roku Muzeum w Kwidzynie funkcjonuje jako Oddział Muzeum Zamkowego w Malborku.
Kierownicy Muzeum Dotychczasowymi kierownikami muzeum byli: Alfons Lemański Halina Sampławska dr Antoni Pawłowski Sylwia Tatara dr hab. Janusz Hochleitner Janusz Cygański w latach 2013–2019 dr Justyna Liguz od 2019 roku
Zbiory Liczące około 5 tys. obiektów zbiory zostały podzielone na kolekcje: dzieła sztuki: naczynia porcelanowe z XVIII, XIX i początku XX wieku, naczynia szklane z końca XIX i początku XX wieku, portret Mężczyzny z czaszką (XVII wiek), alabastrowa płaskorzeźba "Święta Rodzina odpoczywająca podczas ucieczki do Egiptu" (1683), płaskorzeźba Zabójstwo Abla, dębowa skrzynia obita pasami żelaznej blachy (XIV w.), intarsjowany stół z marmurowym blatem (1648), dwa XVIII-wieczne fotele, monety pochodzące z XIV-XX wieku, XVII- i XVIII wieczne monety pruskie, XIX-wieczne monety rosyjskie i francuskie, XVII i XVIII-wieczne mechanizmy zamków,