Niedenzu na widokówce, 1917 rok mały|Ogród zoologiczno-botaniczny w Braniewie, powstały w miejscu założonego w 1893 przez Franza Niedenzu ogrodu botanicznego|240x240px mały|Pamiątkowy nagrobek profesora, ufundowany w otwartym w 2021 roku lapidarium na cmentarzu św. Jana|240x240pxJego głównym obszarem pracy była systematyka roślin. W tej dziedzinie rozwijał pracę swojego nauczyciela Englera, który opracował system taksonomii roślin, tzw. (system Englera). Franz Niedenzu był redaktorem wydań od 20. do 22. Flora von Deutschland Christiana Augusta Friedricha Garcke. Znany był ze swojej pracy na temat roślin z rzędu malpigiowców; do dzieła swojego mistrza Adolfa Englera Das Pflanzenreich napisał rozdział Malpighiaceae. Do pracy Die Natürlichen Pflanzenfamilien Englera i Carla Prantla dodał opisy dziewięciu rodzin.