Franz Niedenzu, oprócz wykładów z botaniki, prowadził na uczelni w Braniewie również zajęcia z zoologii, chemii i fizyki. Był bardzo lubiany przez swoich uczniów, którzy nazywali go „papa Niedenzu”. W 1925 został rektorem Akademii w Braniewie, w rok później, w 1926, z powodu osiągnięcia wieku emerytalnego przeszedł na emeryturę. Za życia doczekał jeszcze upamiętnienia w postaci pomnika z jego popiersiem odsłoniętym w ogrodzie botanicznym. Zmarł w Braniewie 30 września 1937 r. i tam został pochowany na cmentarzu św. Jana (Johannisfriedhof). W ostatnią drogę odprowadziło go w kondukcie żałobnym 80 księży, tłumy mieszkańców, uczniów oraz studentów braniewskiej uczelni. Cmentarz, a z nim grób profesora, został zlikwidowany w latach 70. XX w. W 2021 roku ufundowana została płyta pamiątkowa w lapidarium na byłym cmentarzu upamiętniająca wybitnego botanika (na zdjęciu). Również po jego mieszkaniu w Braniewie nie ma współcześnie śladu – dom profesora przy ulicy Am Stadtpark 3Verzeichnis der Vorlesungen an der Staatl. Akademie zu Braunsberg im Sommersemester 1929 (pomiędzy amfiteatrem a pl. Wolności) został 3 lutego 1945 zniszczony trzema trafieniami bezpośrednimi ostrzeliwującej miasto Armii Radzieckiej, a po wojnie rozebranyMaria Niedenzu Akademie [w:] Braunsberg/Ostpreußen. Unsere Schulen, Heft 40, Winter 1984/85, s. 15.