On również przeprowadził pierwszą w Polsce operację zmiany płci – u Zofii Smętek (1910–1983).

Okres okupacji W czasie kampanii wrześniowej walczył w obronie Warszawy, następnie trafił do Brześcia, a po klęsce dotarł do Lwowa, gdzie 9 grudnia został aresztowany przez władze sowieckie, ale uniknął deportacji na Syberię dzięki staraniom żony. Zwolniony w lipcu 1940, otrzymał propozycję objęcia stanowiska kierownika Katedry Ginekologii, ale ostatecznie został kierownikiem oddziału ginekologiczno-położniczego w II Szpitalu Lwowskim.

Po ataku Niemiec na ZSRR był zmuszony ukrywać się przed Niemcami. W listopadzie 1942 wyjechał do Warszawy i ukrywał się tam w „aryjskiej” części miasta pod wieloma kolejnymi adresami. Zaangażowany przez siostrę i żonę w działalność Armii Krajowej, ilustrował instrukcje minerskie dla żołnierzy AK.

Po wybuchu powstania warszawskiego, w stopniu kapitana i pod pseudonimem Nekander, kierował szpitalem polowym na rogu Chmielnej i Marszałkowskiej (oddział „Bakcyl”), a po kapitulacji ukrywał się wraz z grupą ok.