W praktyce często jest preferowana, gdy celem nadal jest kontrola FWER, ale bez tak dużej utraty mocy.
Procedura Benjaminiego–Hochberga Procedura Benjaminiego–Hochberga nie kontroluje FWER, lecz współczynnik fałszywych odkryć (FDR). Dzięki temu bywa znacznie bardziej efektywna przy bardzo dużej liczbie testów, zwłaszcza w zastosowaniach eksploracyjnych, takich jak genomika czy analiza wysokowymiarowa. Nie jest to jednak metoda przeznaczona do tego samego celu inferencyjnego co klasyczna poprawka Bonferroniego.
Metody wyspecjalizowane W niektórych zadaniach istnieją procedury lepiej dopasowane do struktury problemu. Dla wszystkich porównań parami między średnimi często stosuje się test Tukeya, a przy porównywaniu kilku grup z jedną grupą kontrolną – test Dunnetta. Metody te zwykle wykorzystują więcej informacji o zadaniu i bywają mocniejsze od ogólnej poprawki Bonferroniego.
Ograniczenia Najczęściej wskazywaną wadą poprawki Bonferroniego jest jej nadmierna zachowawczość. Problem ten staje się szczególnie widoczny przy dużej liczbie hipotez, gdy próg staje się bardzo mały. W takich sytuacjach metoda może znacząco obniżać prawdopodobieństwo wykrycia rzeczywistych efektów.