Kontrowersje W grudniu 2015 Bartłomiej Misiewicz na polecenie Antoniego Macierewicza kierował nocną akcją wejścia żołnierzy Żandarmerii Wojskowej i Służby Kontrwywiadu Wojskowego do Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu Wojskowego NATO w Warszawie. W grudniu 2016 Sąd Okręgowy w Warszawie nakazał stołecznej Prokuraturze Okręgowej wszczęcie śledztwa w tej sprawie. 1 marca 2017 Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie odrzucił zażalenie pełnomocnika gen. bryg. Piotra Pytla i utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie Prokuratury Okręgowej w Warszawie z 24 października 2016 o umorzeniu śledztwa w sprawie przekroczenia uprawnień żołnierzy Żandarmerii Wojskowej asystujących w działaniach prowadzonych przez Bartłomieja Misiewicza jako pełnomocnika MON do spraw utworzenia CEKW NATO.
Według tygodnika „Polityka”, wizytując jednostki wojskowe, oczekiwał od ich dowódców oznak szacunku służbowego – na przykład powitania przed frontem jednostki – które nie przysługiwały osobom na jego stanowisku.