Data jego śmierci nie jest znana, wiadomo jednak, że żył jeszcze w 94 rokuW zakończeniu Dawnych dziejów wzmiankuje zamiar napisania jeszcze jednego dzieła, chodzi zapewne o apologię, znaną jako Przeciw Apionowi, na początku której wspomina napisane wcześniej Dzieje. Podobnie w Autobiografii (76) mowa o Dziejach jako powstałych wcześniej.. Był trzykrotnie żonaty i doczekał się dwóch synów − Justusa i Symonidesa.
Zenon Kosidowski tak charakteryzuje tę postać: „Józef Flawiusz to postać fascynująca i zarazem enigmatyczna (…) Jego psychika była tak zawiła i znaczona paradoksalnymi sprzecznościami, że do dnia dzisiejszego nikt właściwie nie zdołał jej rozszyfrować do końca, a opinie wydawane o nim przez kolejne pokolenia historyków wahają się od najwyższych pochwał aż do pomawiania go o najszpetniejsze bezeceństwa”Zenon Kosidowski, Opowieści ewangelistów, Warszawa 1983, s. 19–31 (z szerokim uzasadnieniem zacytowanej opinii), .