Po tym epizodzie wojskowym aktywność Gedeona Rajeckiego przejawiała się już głównie w działalności publicznej i politycznej. Wziął udział w sejmiku relacyjnym w Wilnie (początek stycznia 1627), po czym w imieniu hetmana Lwa Sapiehy uczestniczył 19 stycznia w podpisaniu rozejmu ze Szwedami. Jeszcze w tym samym roku reprezentował Wiłkomierz jako deputat w Trybunale Litewskim. W kolejnych latach jeszcze kilkakrotnie brał udział w konwokacjach i obradach różnych gremiów na Litwie.
Był kalwinistą, patronem zboru w Czadosach, od 1636 w radzie kuratorów generalnych zborów Wielkiego Księstwa Litewskiego; w grudniu 1639 król Władysław IV wyznaczył go – wraz z Krzysztofem Radziwiłłem – do komisji reprezentującej stronę kalwińską w rozstrzygnięciu spraw związanych z zamieszkami, do których doszło w Wilnie. Komisja ta zakończyła swoją pracę – wobec stronniczego stanowiska komisarzy reprezentujących katolików – z rezultatem dalece niesatysfakcjonującej dla strony kalwińskiej (Radziwiłł i Rajecki sporządzili własny protokół z akt sprawy, do którego dołączyli dokumenty odrzucone przez katolików). Wobec niepowodzenia, które Rajecki odniósł w tej sprawie, na kilka lat wyłączył się z polityki.