Mimo tego, w pewnych rejonach Egiptu Set nadal cieszył się czcią i był postrzegany jako bohater i naczelny bóg.
Miejsca kultu Set był czczony w świątyniach w Ombos (Nubt), blisko Nagady i w Ombos (Nubt), niedaleko Kom Ombo oraz w Oksyrhynchos (Górny Egipt), w oazie Fajum.
W okresie ramessydzkim Set był czczony także w dużych metropoliach jak Sepermeru. Jego kult sprawowany był tam w świątyni zwanej „Domem Seta, Pana Sepermeru”. Jedno z określeń tego miasta to „wrota pustyni”. Być może wiązało się to z kojarzeniem Seta jako władcy pustyni i pogranicza Egiptu. Okręg świątynny Seta w Sepermeru obejmował także mniejszy obiekt znany jako „Dom Seta, Potężne Jest Jego Silne Ramię”. Sam Ramzes II zbudował (lub odnowił) też przybytek dla Neftydy, nazwany „Domem Neftydy Ramzes-Meriamon”. Świątynie Seta i Neftydy w Sepermeru były niezależne. Posiadały osobną administrację, kapłanów i proroków.
Inna podobna świątynia Seta znajdowała się nieopodal Pi-Wayna. Kolejny przykład powiązania kultu Seta z kultem Neftydy był w Su u wejścia do oazy Fajum.
Jeden z przykładów związków między świątyniami Seta i Neftydy przedstawia Papirus Boloński. Zawiera on skargę składaną przez Pra’em-haba, proroka „Domu Seta” w niezidentyfikowanej dziś miejscowości Punodżem. Skarży się on na nieprawnie naliczony podatek nałożony na swoją świątynię. Dodaje przy okazji, że jest także odpowiedzialny za „Dom Neftydy”.