Pod koniec lat 80. zaczęły spotykać ją różne doświadczenia. Usiłowano zakłócać jej nabożeństwa. Mąż ją oczerniał publicznie i zdradzał. W 1891 roku doszło do rozwodu, po którym zawarł nowy związek i wkrótce zmarł. Dziesięć lat później Maria poznała wierzącego człowieka, Samuela Etter, za którego wyszła w 1902 roku. Nazywała go „darem od Boga”, a on wspierał ją w posłudze. Trzy lata po ślubie zaprzestała publicznej służby na siedem lat. Po tym okresie życia ukrytego oboje wrócili do niej. Mąż zajmował się organizacją spotkań oraz dystrybucją książek, które wówczas napisała (nieprzetłumaczonych na polski). Dotyczyły one przede wszystkim jej posługi ewangelizacyjnej, uzdrowień, znaków i cudów oraz darów Ducha Świętego. Samuel zmarł w 1914 roku.
Spotkania przyciągały coraz większe tłumy, a Maria Woodworth-Etter, pomimo wieku, podróżowała po całym kraju. Po kilkudziesięciu latach takiej służby i wygłoszeniu tysięcy kazań, postanowiła założyć dla niej stałą siedzibę, zatem zbudowała kościół Tabernacle w Indianapolis, który został poświęcony 19 maja 1918 roku. Ludzie przyjeżdżali do niego z całej Ameryki, gdyż również dochodziło tam do uzdrowień i przemian życia. Stanowił on też centrum konferencyjne, lecz Maria w dalszym ciągu wyjeżdżała ewangelizować na Środkowym Zachodzie.