W efekcie, 18 marca 2009 Krzysztof Pastor objął dyrekcję zespołu baletowego TW-ON, który 29 kwietnia 2009 decyzją ministra został wyodrębniony w strukturze teatru jako Polski Balet Narodowy i równorzędny partner Opery Narodowej w Teatrze Wielkim.
Niezależnie od nowych obowiązków w Warszawie, do 2017 nadal był choreografem-rezydentem Het Nationale Ballet w Amsterdamie, a w latach 2011–2020 służył także swoim doświadczeniem w Narodowym Litewskim Teatrze Opery i Baletu w Wilnie jako dyrektor artystyczny tamtejszego zespołu baletowego. W 2021 roku powołany do Rady Programowej Narodowego Instytutu Muzyki i Tańca i wybrany jej przewodniczącym.
Ważniejsze prace choreograficzne 1992: Shostakovich Chamber Symphony (Het Nationale Ballet) 1993: Les Biches (The Israel Ballet) 1993: Stop It!