Zdrada Sarena zostaje przedstawiona Radzie Cytadeli, która cofa mu status Widma i nadaje go Shepardowi, którego zadaniem staje się odnalezienie turianina i powstrzymanie go. Shepard i Anderson uważają, że Saren sprzymierzył się ze Żniwiarzami i syntetyczną rasą gethów, Rada odrzuca jednak te oskarżenia, uważając Żniwiarzy za legendę. W trakcie śledztwa Shepard odkrywa, że nadajnik objawił mu wizję zniszczenia protean przez Żniwiarzy, a ten sam los w niedługim czasie ma spotkać inteligentne rasy zamieszkujące galaktykę obecnie. Mimo spotkania z jednym ze Żniwiarzy, Suwerenem, Rada w dalszym ciągu uważa ich za mit.

Saren i gethy przypuszczają atak na Cytadelę, mający na celu aktywowanie przekaźnika masy, poprzez który Żniwiarze przedostaną się do Drogi Mlecznej i zrealizują swój plan zniszczenia inteligentnych istot. Shepardowi udaje się powstrzymać Sarena i uratować Radę bądź pozostawić ją na śmierć, a w jej miejsce powstaje nowa, składająca się wyłącznie z ludzi.