3 września wojska niemieckie zajęły dwór i otaczający go park, a wszyscy znajdujący się tam żołnierze polscy, wraz z naczelnym lekarzem, kapelanem i całą izbą chorych, dostali się do niewoli.
Początkowy okres niewoli Zygmunt Pukianiec spędził w stalagu I B Hohenstein, gdzie pełnił funkcję lekarza obozowego. Następnie w oflagach II B Arnswalde (Choszczno) i II D Gross Born (Borne Sulinowo). W 1941 r. w oflagu Gross Bom objął stanowisko naczelnego lekarza szpitala epidemicznego, po czym został wysłany (z grupą sześciu polskich lekarzy) do stalagu 302 H, celem opanowania epidemii tyfusu wśród jeńców sowieckich. Tam sam zaraził się tyfusem. Podczas pobytu w oflagach mjr Pukianiec był delegatem Czerwonego Krzyża. Zaangażował się w działalność konspiracyjną, a gdy przez krótki czas pełnił z konieczności funkcję dentysty, wówczas w stopie unitu stomatologicznego przechowywał radiostację. Koniec wojny zastał go w oflagu II C Woldenberg (Dobiegniew), w którym piastował stanowisko kierownika przychodni lekarskiej (izby chorych).