W czasie kampanii wrześniowej 1939, po agresji ZSRR na Polskę, dostał się do sowieckiej niewoli. 17 października 1939 przebywał w obozie jenieckim w Putywlu. W listopadzie tego roku został przeniesiony do obozu jenieckiego w Kozielsku. 11 lub 12 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 022/3 z 9 kwietnia 1940, pozycja 31. Między 13 a 14 kwietnia 1940 został zamordowany w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 jego ciało zidentyfikowano podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców pod numerem 1245 – dosł. opisany jako Jakubiak Boleslaw (raport dzienny z 6 maja 1943). Przy jego szczątkach znaleziono: karty pocztowe, talizman (kotwica) oraz dwa pierścionki aluminiowe. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 01245, wskazany jako „Jakóbiak Bolesław – mjr. – syn Wacława”.