W rezultacie budowa drugiego statku, RFA Lyme Bay, została przeniesiona do BAE Systems Govan w Glasgow w celu jego ukończenia.
W 2001 roku Swan Hunter nabył położoną w miejscowości Port Clarence, w Teesside stocznię morską należącą do norweskiej spółki KvaernerShipbuilder Swan's sells Teesside yard The Journal, 13 kwietnia 2006, jednak w 2006 roku sprzedał ją przedsiębiorstwu Wilton Engineering GroupTen years ago Port Clarence was an empty shell - now it's a hive of activity Evening Gazette, 27 maja 2008.
W listopadzie 2006 roku, po nieudanym ukończeniu Lyme Bay w ramach budżetu i wynikającym z tego wykluczenia z przyszłych projektów budowy statków dla Royal Navy, Jaap Kroese ogłosił, że przedsiębiorstwo zakończyło działalność i wystawiło na sprzedaż słynne żurawie stoczni w Wallsend. Powiedział też, że aktywnie poszukuje nabywcy gruntów należących do stoczni. W tym czasie, pierwszy siostrzany statek Lyme Bay, Largs Bay, stał się ostatnim statkiem zbudowanym i w pełni ukończonym przez Swan Hunter. W kwietniu 2007 roku żurawie należące do Swan Hunter, wraz dokiem pływającym i pozostałym wyposażeniem, zostały sprzedane stoczni Bharati Shipyard, drugiej co do wielkości stoczni sektora prywatnego w Indiach.