W roku 2009 uzyskała stopień doktora habilitowanego, w 2014 odebrała z rąk prezydenta RP Bronisława Komorowskiego nominację profesorską.
W latach 2004–2006 członkostwo w Sekcji Chemii Morza Komitetu Badań Morza PAN. W latach 2007–2012 została powołana na członka Komisji Śladowej Analizy Organicznej Komitetu Chemii Analitycznej PAN. W kadencji 2012-2015 oraz 2015-2018 w składzie Rady Naukowej Instytutu Oceanologii PAN.
Działalność naukowa prof. Agaty Kot-Wasik skupiona jest na poszukiwaniu i opracowywaniu nowych metodyk analitycznych. Główny nurt jej zainteresowań stanowią nowoczesne techniki analityczne ze szczególnym uwzględnieniem technik łączonych, a wśród nich na plan pierwszy wysuwa się nowoczesna, ultraszybka wysokosprawna chromatografia cieczowa w połączeniu ze spektrometrią mas, tandemową spektrometrią mas i wysokorozdzielczą spektrometrią mas. Jednocześnie zdobywa doświadczenie w zakresie przygotowania próbek ciekłych i stałych do analizy chromatograficznej. Ważnym elementem prowadzonych prac badawczych stanowi poznanie kinetyki reakcji degradacji zanieczyszczeń środowiska wodnego oraz identyfikacja produktów degradacji organicznych zanieczyszczeń środowiska umożliwiająca określenie dróg degradacji związków ze szczególnym uwzględnieniem pozostałości farmaceutyków.