Nowe władze od lat nie kryły swoich antykatolickich uprzedzeń. Jeszcze podczas trwania przewrotu, wystąpieniom anty-monarchicznym towarzyszyły napaści (często inspirowane przez loże masońskie) na osoby duchowne i na ludzi wierzących. W wyniku tych aktów agresji zginęło dwóch księży lazarystów, a do końca roku zamordowano co najmniej 15 księży i zakonników. Dodatkowo ponad stu księży zostało brutalnie pobitych, zdemolowano 20 świątyń.
Po ugruntowaniu swojej władzy, nowa Republika ogłosiła oficjalnie wolność wszystkich wyznań. W praktyce jednak na Kościół katolicki spadły ostre represje. Z granic Portugalii wydalono wszystkie zakony. Zamknięto domy modlitwy, szkoły i ośrodki dobroczynne, przejmując je na rzecz państwa. Religię usunięto ze szkół. Cały majątek Kościoła został znacjonalizowany ze świątyniami i kaplicami włącznie. Do odprawiania nabożeństw państwo je bezpłatnie wypożyczało. Księżom zabroniono noszenia szat duchownych poza kościołami i urządzania procesji.