Zbieżność tego polowania na czarownice (jednego z ostatnich w Szkocji) i procesu Aikenheada nie jest jedynie czasowa. Z jednej strony, strasząc czarownicami próbowano usprawiedliwiać zasadność skazania Aikenheada, a z drugiej uzasadniając procesy o czary powoływano się na krytykowaną przez niego Biblię, w szczególności na wers „Nie pozwolisz żyć czarownicy” (Księga Wyjścia 22:17 lub 22:18).
Budzi wątpliwości czy Aikenhead pod wpływem nacisku i widma śmierci wykazał tzw. „skruchę”, gdyż powszechnie przyjmuje się, że petycje, które występują w sprawie i mogłyby to sugerować nie były przez niego pisane, ale przez duchownych i prawników, chociaż mówiło się, że miał mieć przy sobie Biblię podczas wykonywania wyroku. Podczas procesu nie dysponował obrońcą (adwokatem)Proceedings against Thomas Aikenhead for Blasphemy – Text of indictment at Google Books from T. B. Howell (editor): A complete collection of state trials and proceedings for high treason and other crimes and misdemeanors from the earliest period to 1783, with notes and other illustrations, Volume 13, Longman, Hurst, Rees, Orme and Brown, 1816;