Jego głównym zadaniem na nowym stanowisku było przeprowadzenie śledztwa w sprawie podejrzewanego o nadużycia wezyra Fachr ad-Dina Ahmada. Bajsunkur sprawnie przeprowadził dochodzenie, które doprowadziło do pozbawienia Fachr ad-Dina jego urzędu. Bajsunkur pozostał amir-e diwan swojego ojca aż do śmierci, poza tym "posiadając swój własny dywan i armię, prowadząc wojska swojej prowincji i sprawując naczelne dowództwo podczas kampanii Szahrucha. Mieszkał głównie w Heracie, w pałacu Bagh-i Safid, odwiedzając swoją prowincję przez kilka tygodni w roku na polowanie".
thumb|Stronica rękopisu Koranu przepisanego przez Szams ad-Dina Bajsonghoriego. W lewym górnym rogu znajduje się iluminowana złotem sygnatura Bajsunkura, który zlecił wykonanie tego rękopisu. Muzeum Sztuki Tureckiej i Islamskiej w Stambule W roku 1418 Bajsunkur na czele armii swojego ojca pojmał zbuntowanego kuzyna i namiestnika Kabulu Kajdu. W roku 1421, podczas kampanii przeciwko Kara Kojunlu, zajął Tebriz, by następnie być przez pewien czas namiestnikiem tego miasta. Brał także udział w kampanii przeciwko chanowi Niebieskiej Ordy Borakowi (zm. 1428 lub 1429) w roku 1427, której celem była obrona pozycji Timurydów w Mawarannahrze po klęsce, jaką poniósł Uług Beg.