Po tym, jak Borak został odparty Bajsunkur powrócił do Heratu, najwidoczniej na prośbę swojego brata, który bał się, że ten zastąpi go jako namiestnik. W roku 1429 walczył w kolejnej kampanii przeciwko Kara Kojunlu. W ostatnich latach życia zdrowie Bajsunkura uległo pogorszeniu, prawdopodobnie z powodu jego alkoholizmu, który ostatecznie był przyczyną jego śmierci 20 grudnia 1433 roku. Został pochowany w mauzoleum zbudowanym przez Gouharszad, zaś jego najstarszy syn, Ala ad-Daula (1447-1448), odziedziczył po nim jego namiestnictwo i stanowisko w dywanie. Bajsunkur pozostawił po sobie jeszcze dwóch innych synów, Sultana Muhammada (1447 - 1452) i Babura (1447 - 1457). Po śmierci Szahrucha w roku 1447 walczyli oni o władzę nad Iranem "w starciu, które doprowadziło do zagłady wszystkich trzech".
"Musi być nieco prawdy w stwierdzeniach że głównym powodem dla którego Bajsunkur zawsze powracał do Heratu było jego oddanie dla ojca i matki;