Jony powstałe wskutek przyłączania protonu, kierowane są do analizatora, gdzie dochodzi do ich rozdziału ze względu na ich wartość m/z.
Masę badanego związku chemicznego określa się, na podstawie miejsca występowania w widmie sygnału powstałego z jego niepofragmentowanego jonu, przez uwzględnienie masy cząstek jonizujących, według wzoru:
gdzie: mzw – masa wyjściowej cząsteczki, która ulegała jonizacji bez fragmentacji (m/z) – wartość odczytana widma dla niepofragmentowanego jonu, odpowiadająca stosunkowi masy analizowanej cząsteczki w daltonach do liczby ładunków elementarnych (z) które niósł z sobą jon, który wygenerował analizowany sygnał; mcz – suma mas (w daltonach) cząstek lub jonów, które nadały ładunek poprzez przyłączenie się do wyjściowej cząsteczki (masa protonu – 1,00727646688 Da; masa elektronu około 0,00054862 Da). Jeśli jonizacja następuje na skutek oderwania cząstki to jej masy nie odejmuje się, lecz dodaje; jeżeli cząstką dołączaną lub odrywaną jest elektron, jego masę można pominąć.